Um dos momentos mais difíceis na história da Igreja em Espanha foi, sem dúvida, a Guerra Civil Espanhola de 1936 a 1939. Milhares e milhares de pessoas foram mortas sob o jugo do comunismo e do anti-clericalismo só por serem Católicas. Leigos, mas também padres, freiras e religiosos. Desde há anos, sempre que sai um documento da Congregação para as Causas dos Santos, há sempre uma confirmação da Santa Sé de que mais dezenas de pessoas morreram pela Fé.
S. Josemaria viveu em Madrid durante parte da guerra e viu muitos dos seus amigos sacerdotes, e muitos outros que não conhecia, serem mortos. Alguns mesmo à sua frente. Era altamente improvável que ele sobrevivesse. Muitos dos que sobreviveram tinham conseguido fugir antes da Guerra.
Numa aventura incrível, ele e alguns dos primeiros membros do Opus Dei conseguiram fugir clandestinamente das regiões comunistas. No meio de imenso frio e muita fome e sempre a caminhar à noite, atravessaram os Pirinéus para passarem a fronteira. A primeira coisa que fizeram foi ir a Lourdes agradecer a Nossa Senhora. Logo de seguida, S. Josemaria quis voltar para Espanha. Arranjaram um sítio para viver na região espanhola onde a Igreja não era perseguida. Burgos foi a cidade de base, mas a partir daí percorreu muitos quilómetros. Confessava pessoas, dava Direcção Espiritual a muitos dos que o tinham conhecido em Madrid e pregava retiros.
Nessa altura, Juan Jimenez Vargas era um dos membros mais antigos do Opus Dei e aquele que mais tinha a confiança de S. Josemaria. Também ele tinha atravessado os Pirinéus. Como era médico, foi imediatamente chamado para o exército nacional assim que entrou em Espanha e portanto não conseguiu ficar em Burgos a acompanhar S. Josemaria. Por essa razão, a sua correspondência por carta tornou-se abundante. É nesse contexto que surge esta carta:
"Estive em Valência, Valladolid, Salamanca, Ávila e Bilbao. Vim esgotado de Bilbao, (...).
No dia 9 saio outra vez para Salamanca.
Que pouca vontade tenho desta dança! De boa vontade me encerraria num convento, a rezar e a fazer penitência, até que acabasse a guerra... Mas seria a primeira ocasião em que faria a minha vontade e, naturalmente - melhor, sobrenaturalmente - também não a farei agora"
S. Josemaria Escrivá a Juan Jimenez Vargas, Carta de 7 de Fevereiro de 1938