O Padre Pio foi um modelo de respeito e de submissão aos seus superiores religiosos e eclesiásticos, sobretudo quando foi perseguido. Apesar disso, não podia calar-se perante os desvios que eram fatais para a Igreja.
Antes do fim do Concílio, em Fevereiro de 1965, alguém lhe anunciou que em breve seria celebrada a Missa segundo o novo rito, ad experimentum, em língua vernácula, um rito que tinha sido composto por uma comissão litúrgica conciliar para responder às inspirações do homem moderno. O Padre Pio escreveu imediatamente a Paulo VI, mesmo antes de ter visto o texto, para lhe pedir que fosse dispensado desta experiência litúrgica e que lhe fosse permitido continuar a celebrar a Missa de São Pio V.
Quando o Cardeal Bacci o foi visitar para lhe trazer a autorização pedida, o Padre Pio deixou escapar um lamento na presença do mensageiro do Papa: "Por amor de Deus, acabem rapidamente com o Concílio". Nesse mesmo ano, no meio da euforia conciliar que prometia uma nova primavera para a Igreja, confidenciou a um dos seus filhos espirituais: "Neste tempo de trevas, rezemos. Façamos penitência pelos eleitos".
Outras cenas da vida do Padre são muito significativas; por exemplo, a sua reação à atualização das ordens religiosas desejada pelo Vaticano II. As citações seguintes provêm de um livro que tinha o seu imprimatur: "Em 1966, o Padre Geral dos Franciscanos veio a Roma um pouco antes do capítulo especial que devia tratar das constituições, para pedir ao Padre Pio orações e bênçãos. Encontrou o Padre Pio no claustro. "Padre, venho recomendar às vossas orações o capítulo especial para as novas constituições..."
Mal tinha pronunciado as palavras "capítulo especial" e "novas constituições", o Padre Pio fez um gesto violento e exclamou: "Tudo isto não passa de um disparate destrutivo". "Mas, Padre, afinal, é preciso ter em conta as novas gerações... os jovens evoluem de acordo com as suas modas... há necessidades, novas exigências. A única coisa que falta, disse o Padre, são a alma e o coração, são tudo, a inteligência e o amor". E, saindo para a sua cela, volta-se e diz, apontando o dedo: "Não nos devemos distorcer, não nos devemos distorcer! No julgamento do Senhor, São Francisco não nos receberá como seus filhos"! Um ano mais tarde, a mesma cena repetiu-se aquando do aggiornamento dos Capuchinhos.
Um dia, alguns colegas estavam a discutir com o definidor geral, o conselheiro próximo do provincial ou geral de uma ordem religiosa, quando o Padre Pio, assumindo uma atitude escandalizada, exclamou, com um olhar severo: "O que queres em Roma? Em que é que se está a meter? Queres também mudar a regra de S. Francisco?
O definidor respondeu: "Padre, queres propor mudanças porque os jovens já não querem saber da tonsura, do hábito, dos pés descalços...Expulsai-os! Expulsai-os! O que é que se há-de dizer? Talvez estejam a fazer um favor a S. Francisco, tomando o hábito e seguindo a sua regra de vida, ou não será antes S. Francisco que lhes oferece este grande dom?"






